Bergulirnya reformasi di akhir abad XX telah menyentuh seluruh aspek kehidupan berbangsa dan bernegara, diantaranya adalah aspek pengendalian manajemen pemerintah yang merupakan prasyarat terbentuknya good governance. Perjalanan reformasi pasca orde baru tidak berlangsung mulus, wabah KKN tersebar di seluruh instansi pemerintah baik pusat maupun daerah. Penyelenggaraan pemerintahan dan pembangunan sangat rendah tingkat efisiensi, efektivitas, dan kehematannya. Kinerja pemerintahan yang belum optimal, diantaranya terlihat dari kinerja Aparat Pengawasan Internal Pemerintah (APIP) yang belum memadai. Untuk mencapai good governance , tidak cukup dengan sekedar suatu perubahan yang signifikan atau reformasi, tetapi diperlukan suatu perubahan yang terencana (transformasi) atau yang akan membentuk dan membangun kembali sistem pengendalian manajemen pemerintah, khususnya Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP). Manajemen publik baru yang mengedepankan hasil menuntut adanya transparansi dan akuntabilitas sektor pemerintah. Upaya ini membutuhkan kesepahaman mengenai faktor-faktor yang diperlukan untuk mengakselerasi terbentuknya transformasi pengendalian manajemen pemerintah. Berdasarkan analisis beberapa tesis dan artikel sebelumnya mengenai pengendalian manajemen maka terdapat beberapa variabel independen yang belum pernah digunakan baik secara bersama maupun individual. Transformasi tersebut dipengaruhi oleh aspek akuntabilitas melalui kebijakan akuntabilitas, aspek organisasi melalui misi dan tujuan serta iklim organisasi, dan terakhir aspek manusia berupa etika organisasi. Melalui focus group discussion dan in-depth-interview serta analisis statistik hasil questionnaire, diperoleh kesimpulan bahwa persepsi stakeholder mendukung adanya hubungan positif diantara keberadaan empat variabel independen yang dapat mengakselerasi transformasi pengendalian manajemen pemerintah, menuju Tata Kelola SPIP yang baik, yaitu misi dan tujuan organisasi, iklim organisasi, etika organisasi, dan kebijakan pengendalian. Hasil analisis statistik dapat menjawab pertanyaan mengapa transformasi pengendalian manajemen pemerintah diperlukan, yaitu untuk melakukan perbaikan yang signifikan dan terencana yang bertujuan untuk mencapai akuntabilitas yang utuh menyeluruh. Dengan demikian diperlukan suatu perubahan yang terencana mencakup kejelasan misi dan tujuan organisasi, membentuk iklim organisasi yang kondusif, etika organisasi yang melembaga, dan kebijakan pengendalian yang komprehensif. Keempat faktor tersebut ditambah dengan perubahan terencana terhadap kelembagaan APIP, akan mengakselerasi pencapaian good governance sebagaimana yang diinginkan. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan umpan balik yang menyeluruh terhadap pemerintah mengenai kinerja APIP dewasa ini dan melalui penelitian ini dapat diketahui faktor-faktor yang diperlukan untuk mengoptimalkan pengendalian intern pemerintah. Transformasi pengendalian manajemen pemerintah merupakan kebutuhan mutlak saat ini untuk mencapai good governance dan clean government.